一九三七年十一月，日军占领上海后，随即向西进犯南京。十二月南京城陷，日军四处奸淫掳掠，屠戮军民三十万。就在整个南京城沦为人间地狱之际，德国人约翰 • 拉贝秉持良知仁义，冒险营救素昧平生的中国人，为他们提供安身之所。

日军进逼南京之前，富裕人家早已出逃，留下的都是贫苦百姓。日本海军长官已通告各国领事将会大规模轰炸南京，要求外国人撤离。德国西门子公司南京分公司经理拉贝却认为，一旦离开就无法维护公司的利益，而且不能撇下公司职员和家中佣仆而去，所以迟迟没有启程回国。

日机疯狂轰炸，空袭无日无之。拉贝在家中院子挖了一个防空洞给职员和佣仆避难。本来只可容十二人的防空洞，后来竟挤进三十人。拉贝定下规矩，要求大家严格遵守：手抱婴儿的妇女优先，坐在最安全的中间位置，然后是带着孩子的妇女，男人只能站着或挤坐一旁。有一次，院子来了三个穷孩子想找地方躲避，拉贝把他们喊进洞里来，安排三人坐在中间。拉贝希望防空洞里的人都明白，在危急关头，不论贫富，人人同样重要。不时有妇孺拍打大门，还有男人翻过墙头，哀求拉贝让他们进来避难。他总是于心不忍，来者不拒。这个有“西门子难民收容所”之称的房子，一度住了六百多人。

为向难民提供容身之所，十五名外国传教士、大学教授、医生和商人成立国际委员会，拉贝获推举为主席。经中日双方同意，委员会划出中立安全区，接手原先由市政府负责的市政工作，维持区内的秩序、医疗卫生和粮食供应。此时南京市长已经撤离，拉贝成了有实无名的市长。安全区占地不到四平方公里，设有二十五个收容所，最高峰时庇荫了二十五万名难民。

安全区虽已正式成立，日军指挥官却违反承诺，任由士兵强闯民居，奸掳烧杀。拉贝不时冒着生命危险，单凭纳粹袖章，以德语高呼“德国人”，喝退杀气腾腾的日兵，制止层出不穷的兽行。有一次，六个日兵摸黑爬墙进了拉贝的院子，他用手电筒照看其中一人的面，对方伸手准备掏枪。千钧一发之际，拉贝厉声呵斥，把“卐”字袖章举到他眼前，对方才立即把手放下。为保难民安全，拉贝经常要与日军交涉周旋，以身犯险，却从未后悔。他在日记写道：“我丝毫不后悔留了下来，因为我的存在拯救了许多人的性命。”拉贝日记记录了南京大屠杀的史实，成为日后揭露日军暴行的重要证据。

南京沦陷后第一个新年，拉贝院子里的难民排队向他鞠躬致谢，献上巨型横幅，上有题字“济难扶危　佛心侠骨　共祝天庥　俾尔戬谷”，“活菩萨”的称号由此而来。拉贝以慈悲之心、仗义之举点燃希望，以善行光照寒夜，“活菩萨”的美名，当之无愧。

一九三八年二月，拉贝收到总公司决定关闭南京分公司的消息，必须按指令前往上海。拉贝回国后不久便获授勋章，可惜好景不常。德国战败后，拉贝因曾加入纳粹党而被公司投闲置散，生活艰困，三餐不继。大善人好像没有获得应有的善报，但中国人从未忘记这位“活菩萨”。拉贝贫病交迫的消息传到南京，市民立即集资二千美元送给拉贝，其后每月都给他寄食物，报答当年的恩情 。

一九五零年一月，拉贝郁郁而终。七十年后，新冠疫情爆发，药物物资供不应求。海德堡大学医学院托马斯 • 拉贝教授致函中国驻德国大使馆求助，希望代为联络某家中国药厂购买药物。药厂得悉教授是拉贝的孙子，立即免费送上药物，南京市政府也把筹集所得的口罩、防护服等抗疫物资，经大使馆送到教授手中。“活菩萨”约翰 • 拉贝离世后大半个世纪，以奇妙的方式遗爱人间；这一次，受惠者是自己的同胞。