一九三七年十一月，日軍佔領上海後，隨即向西進犯南京。十二月南京城陷，日軍四處姦淫擄掠，屠戮軍民三十萬。就在整個南京城淪為人間地獄之際，德國人約翰 • 拉貝秉持良知仁義，冒險營救素昧平生的中國人，為他們提供安身之所。

日軍進逼南京之前，富裕人家早已出逃，留下的都是貧苦百姓。日本海軍長官已通告各國領事將會大規模轟炸南京，要求外國人撤離。德國西門子公司南京分公司經理拉貝卻認為，一旦離開就無法維護公司的利益，而且不能撇下公司職員和家中傭僕而去，所以遲遲沒有啓程回國。

日機瘋狂轟炸，空襲無日無之。拉貝在家中院子挖了一個防空洞給職員和傭僕避難。本來只可容十二人的防空洞，後來竟擠進三十人。拉貝定下規矩，要求大家嚴格遵守：手抱嬰兒的婦女優先，坐在最安全的中間位置，然後是帶着孩子的婦女，男人只能站着或擠坐一旁。有一次，院子來了三個窮孩子想找地方躲避，拉貝把他們喊進洞裏來，安排三人坐在中間。拉貝希望防空洞裏的人都明白，在危急關頭，不論貧富，人人同樣重要。不時有婦孺拍打大門，還有男人翻過牆頭，哀求拉貝讓他們進來避難。他總是於心不忍，來者不拒。這個有“西門子難民收容所”之稱的房子，一度住了六百多人。

為向難民提供容身之所，十五名外國傳教士、大學教授、醫生和商人成立國際委員會，拉貝獲推舉為主席。經中日雙方同意，委員會劃出中立安全區，接手原先由市政府負責的市政工作，維持區內的秩序、醫療衞生和糧食供應。此時南京市長已經撤離，拉貝成了有實無名的市長。安全區佔地不到四平方公里，設有二十五個收容所，最高峯時庇蔭了二十五萬名難民。

安全區雖已正式成立，日軍指揮官卻違反承諾，任由士兵強闖民居，姦擄燒殺。拉貝不時冒着生命危險，單憑納粹袖章，以德語高呼“德國人”，喝退殺氣騰騰的日兵，制止層出不窮的獸行。有一次，六個日兵摸黑爬牆進了拉貝的院子，他用手電筒照看其中一人的面，對方伸手準備掏槍。千鈞一髮之際，拉貝厲聲呵斥，把“卐”字袖章舉到他眼前，對方才立即把手放下。為保難民安全，拉貝經常要與日軍交涉周旋，以身犯險，卻從未後悔。他在日記寫道：“我絲毫不後悔留了下來，因為我的存在拯救了許多人的性命。”拉貝日記記錄了南京大屠殺的史實，成為日後揭露日軍暴行的重要證據。

南京淪陷後第一個新年，拉貝院子裏的難民排隊向他鞠躬致謝，獻上巨型橫幅，上有題字“濟難扶危　佛心俠骨　共祝天庥　俾爾戩穀”，“活菩薩”的稱號由此而來。拉貝以慈悲之心、仗義之舉點燃希望，以善行光照寒夜，“活菩薩”的美名，當之無愧。

一九三八年二月，拉貝收到總公司決定關閉南京分公司的消息，必須按指令前往上海。拉貝回國後不久便獲授勳章，可惜好景不常。德國戰敗後，拉貝因曾加入納粹黨而被公司投閒置散，生活艱困，三餐不繼。大善人好像沒有獲得應有的善報，但中國人從未忘記這位“活菩薩”。拉貝貧病交迫的消息傳到南京，市民立即集資二千美元送給拉貝，其後每月都給他寄食物，報答當年的恩情 。

一九五零年一月，拉貝鬱鬱而終。七十年後，新冠疫情爆發，藥物物資供不應求。海德堡大學醫學院托馬斯 • 拉貝教授致函中國駐德國大使館求助，希望代為聯絡某家中國藥廠購買藥物。藥廠得悉教授是拉貝的孫子，立即免費送上藥物，南京市政府也把籌集所得的口罩、防護服等抗疫物資，經大使館送到教授手中。“活菩薩”約翰 • 拉貝離世後大半個世紀，以奇妙的方式遺愛人間；這一次，受惠者是自己的同胞。