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渔护署的重要职责之一，是防止传染病在马匹之间传播。大量的参赛马匹在短时间内从五洲四海运抵香港，这项任务更为艰巨。
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助理署长（检验及检疫）薛汉宗兽医指出
，渔护署员工须与来自不同国家的参赛队伍接触。由于他们一心要取得奥运奖牌，难免会互相竞争，气氛有时十分紧张。薛兽医说：“例如，有参赛队伍不满隔邻的马匹在夜间咳嗽，投诉随队的兽医没有妥为照料。不过，当我们展开调查的时候，被指马匹咳嗽的一队反过来指摘对方，声称是由于对方的马匹咳嗽，引致他们的马匹也咳嗽起来。我们替这两匹马进行检查，发现它们都患上慢性呼吸道症状，但不是传染病。”
传染病零个案
虽然需要监察的奥马参赛马匹数以百计，并发生了零星小事故，但在它们留港期间，并无收到马匹患上传染病的报告，渔护署应记一功。薛兽医认为这是由于该署在策划时小心谨慎。他说：“要运作顺利，事前必须有周详计划，预留足够的时间与其他兽医当局磋商马匹进出口条款。”他又说：“有些问题可灵活处理，但绝不能降低香港对马匹健康的严格要求
。”
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