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漁護署的重要職責之一，是防止傳染病在馬匹之間傳播。大量的參賽馬匹在短時間內從五洲四海運抵香港，這項任務更為艱巨。
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助理署長（檢驗及檢疫）薛漢宗獸醫指出
，漁護署員工須與來自不同國家的參賽隊伍接觸。由於他們一心要取得奧運獎牌，難免會互相競爭，氣氛有時十分緊張。薛獸醫說︰「例如，有參賽隊伍不滿隔鄰的馬匹在夜間咳嗽，投訴隨隊的獸醫沒有妥為照料。不過，當我們展開調查的時候，被指馬匹咳嗽的一隊反過來指摘對方，聲稱是由於對方的馬匹咳嗽，引致他們的馬匹也咳嗽起來。我們替這兩匹馬進行檢查，發現牠們都患上慢性呼吸道症狀，但不是傳染病。」
傳染病零個案
雖然需要監察的奧馬參賽馬匹數以百計，並發生了零星小事故，但在牠們留港期間，並無收到馬匹患上傳染病的報告，漁護署應記一功。薛獸醫認為這是由於該署在策劃時小心謹慎。他說︰「要運作順利，事前必須有周詳計劃，預留足夠的時間與其他獸醫當局磋商馬匹進出口條款。」他又說︰「有些問題可靈活處理，但絕不能降低香港對馬匹健康的嚴格要求
。」
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